תיאורטית - האיכות אמורה להיות נמוכה יותר, כי יש המרה בתוך הסמארטפון מה-MP3 (או AAC/FLAC) ל-PCM ואז שוב לפורמט דחוס של ה-A2DP.
הרדיו דיסק באוטו שוב עושה המרה ל-PCM ואז ממיר מדיגיטלי לאנלוגי לכיוון המגבר.
מעשית - לעניות דעתי ההבדל זניח, בוודאי כשאתה נוסע באוטו עם כל רעשי המנוע והכביש מסביב.
כמו כן, בחיבור בלוטות' אתה דווקא מונע בעיות של מגעים רופפים בחיבורי כבלים שיכולים לגרום לירידה באיכות, מונע הפרעות אלקטרומגנטיות, מונע בלאי של חיבורי ה-AUX והאוזניות, וכו.
אני הייתי מסכם את זה ככה: באוטו, מומלץ מאוד להשתמש בבלוטות. בבית, פחות מומלץ.
יוצא דופן: בעלי אייפון/אייפוד - אם הרדיו מותאם להעברת Audio Stream דרך ה-USB, ויציאת ה-USB של הרדיו מספיק חזקה לטעינת האייפון, עדיף לכם להעביר את האודיו דרך אותו כבל כי מדובר באיכות גבוהה יותר מ-A2DP. זוהי תכונה יפה שאין אותה עדיין במכשירי אנדרואיד.