אני ממליץ בחום לקרוא את המאמר המשובח הבא:
http://www.tnt-audio.com/clinica/diginterf1_e.html.
ה-JITTER נובע בעיקר עקב הצורך להעביר מידע ושעון ביחד, כך שהצד המקבל חייב לשחזר את אות השעון המקורי על מנת "להבין" את המידע הנשלח.
ישנן לא מעט שיטות לשלב שידור מידע ושעון ביחד, גם במערכות תקשורת רבות, החל מ-ADSL וכלה בחיבורים אופטיים לקצבים של כמה Gbps. החכמה בכל השיטות האלו נובעת בעיקר משיטת הקידוד, כלומר יצירת אות המקודד בתוכו גם את המידע המקורי וגם את אות השעון.
בעולם "שלנו" המבוסס על תקן SPDIF שנכתב לפני כמעט 30 שנה (!), נעשה שימוש בשיטת קידוד פרימיטיווית למדי בשם Bi-Phase, שהיא בעצם מקור כל החוליים של ה-SPDIF, והיא הגורם לכאבי הראש שיש למהנדסי התכנון:

.
שיטץ קידוד זו חשופה למפגעים בהעברת הסיגנל הדיגיטלי, מפגעים הנובעים ממס' רב של בעיות, חלק מהן ציין יהושע למעלה.
כתוצאה מאותם מפגעים, האות המקודד המגיע למקלט, נראה לעיתים קרובות כך (זה עוד נחשב מצויין!):

המקלט הנמצא בעבר השני של הכבל הדיגיטלי, מקבל את הסיגנל המקודד, ומחלץ ממנו את המידע ואת אות השעון. במקרים מסויימים, זה עלול להראות כך (דוגמה אמיתית):

כתוצאה מכך, נוצרות שגיאות בעת פענוח המידע המקורי, הגורמות לעיוותים בסיגנל לאחר התרגום לאנלוגי ע"י ה-DAC. הנה דוגמה ציורית להמחשה: הקו האדום מתאר את הסיגנל המקורי, והקו הכחול את הסיגנל לאחר תהליך של המרה ושחזור ש"סבל" ממידה לא קטנה של Jitter:

.
מקווה שזה עוזר במשהו...